<div dir="ltr">hi Wolfgang,<div><br></div><div style>i ran an example from Cedric over the weekend on one of our local clusters.</div><div style>i ran it with and without valgrind and monitored the memory consumption with ganglia as well.</div>
<div style>i ran on 8 cores on a single node</div><div style>there is no increase in memory consumption after 310 timesteps under valgrind</div><div style>without valgrind i observe a very small increase but that seems to correlate with the number of gmres iterations (they increase slightly over time) this model ran for over 1300 steps.</div>
<div style>i attached the ganglia memory plots and this is the top part of the valgrind output for all 8 nodes</div><div style><br></div><div style><div> </div><div>==> ms_print.954 <==</div><div>--------------------------------------------------------------------------------</div>
<div>Command: ../../lib/aspect convection-box.prm</div><div>Massif arguments: (none)</div><div>ms_print arguments: massif.out.954</div><div>--------------------------------------------------------------------------------</div>
<div><br></div><div><br></div><div> MB</div><div>711.7^# </div><div> |# </div>
<div> |# </div><div> |# </div><div> |# @</div>
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<div> 0 +----------------------------------------------------------------------->Ti</div><div> 0 12.53</div><div><br></div><div>Number of snapshots: 82</div>
<div> Detailed snapshots: [1 (peak), 57, 67, 77]</div><div><br></div><div>--------------------------------------------------------------------------------</div><div><br></div><div>==> ms_print.955 <==</div><div>--------------------------------------------------------------------------------</div>
<div>Command: ../../lib/aspect convection-box.prm</div><div>Massif arguments: (none)</div><div>ms_print arguments: massif.out.955</div><div>--------------------------------------------------------------------------------</div>
<div><br></div><div><br></div><div> MB</div><div>770.4^# </div><div> |# </div>
<div> |# </div><div> |# </div><div> |# :: : : : :::</div>
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<div> 0 +----------------------------------------------------------------------->Ti</div><div> 0 11.42</div><div><br></div><div>Number of snapshots: 58</div>
<div> Detailed snapshots: [1 (peak), 2, 4, 52]</div><div><br></div><div>--------------------------------------------------------------------------------</div><div><br></div><div>==> ms_print.956 <==</div><div>--------------------------------------------------------------------------------</div>
<div>Command: ../../lib/aspect convection-box.prm</div><div>Massif arguments: (none)</div><div>ms_print arguments: massif.out.956</div><div>--------------------------------------------------------------------------------</div>
<div><br></div><div><br></div><div> MB</div><div>771.3^# </div><div> |# </div>
<div> |# </div><div> |# </div><div> |# @@ ::: :: :</div>
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<div> 0 +----------------------------------------------------------------------->Ti</div><div> 0 11.36</div><div><br></div><div>Number of snapshots: 92</div>
<div> Detailed snapshots: [1 (peak), 6, 26, 57, 67, 77, 87]</div><div><br></div><div>--------------------------------------------------------------------------------</div><div><br></div><div>==> ms_print.957 <==</div>
<div>--------------------------------------------------------------------------------</div><div>Command: ../../lib/aspect convection-box.prm</div><div>Massif arguments: (none)</div><div>ms_print arguments: massif.out.957</div>
<div>--------------------------------------------------------------------------------</div><div><br></div><div><br></div><div> MB</div><div>761.5^## </div>
<div> |# </div><div> |# </div><div> |# </div>
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<div> |# :: :: :: :@ : :: :: :: :: :: :: : ::: : ::::::: : :: ::: ::: : :: : :@</div><div> 0 +----------------------------------------------------------------------->Ti</div><div> 0 11.35</div>
<div><br></div><div>Number of snapshots: 60</div><div> Detailed snapshots: [1 (peak), 9, 56]</div><div><br></div><div>--------------------------------------------------------------------------------</div><div><br></div><div>
==> ms_print.958 <==</div><div>--------------------------------------------------------------------------------</div><div>Command: ../../lib/aspect convection-box.prm</div><div>Massif arguments: (none)</div>
<div>ms_print arguments: massif.out.958</div><div>--------------------------------------------------------------------------------</div><div><br></div><div><br></div><div> MB</div><div>770.3^# </div>
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<div> |#: :: : : :: :: :: :: :: ::: ::: :: ::::: :: :: ::::: : : : : :: : :: :@</div><div> 0 +----------------------------------------------------------------------->Ti</div><div> 0 12.80</div>
<div><br></div><div>Number of snapshots: 95</div><div> Detailed snapshots: [1 (peak), 52, 62, 72, 82, 92]</div><div><br></div><div>--------------------------------------------------------------------------------</div><div>
<br></div><div>==> ms_print.959 <==</div><div>--------------------------------------------------------------------------------</div><div>Command: ../../lib/aspect convection-box.prm</div><div>Massif arguments: (none)</div>
<div>ms_print arguments: massif.out.959</div><div>--------------------------------------------------------------------------------</div><div><br></div><div><br></div><div> MB</div><div>774.7^# </div>
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<div> |#:: @@::: @@ :::: : ::@ @:: @ @@@ @@ @ @ @@@@ @@@ @ @ @@ @@ @ @ @ @@ @ @</div><div> 0 +----------------------------------------------------------------------->Ti</div><div> 0 13.03</div>
<div><br></div><div>Number of snapshots: 88</div><div> Detailed snapshots: [1 (peak), 4, 5, 9, 10, 18, 19, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 59, 69, 79]</div>
<div><br></div><div>--------------------------------------------------------------------------------</div><div><br></div><div>==> ms_print.960 <==</div><div>--------------------------------------------------------------------------------</div>
<div>Command: ../../lib/aspect convection-box.prm</div><div>Massif arguments: (none)</div><div>ms_print arguments: massif.out.960</div><div>--------------------------------------------------------------------------------</div>
<div><br></div><div><br></div><div> MB</div><div>761.4^# </div><div> |# </div>
<div> |# </div><div> |# </div><div> |# :: : :</div>
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<div> 0 +----------------------------------------------------------------------->Ti</div><div> 0 13.06</div><div><br></div><div>Number of snapshots: 64</div>
<div> Detailed snapshots: [1 (peak), 4, 16, 52, 62]</div><div><br></div><div>--------------------------------------------------------------------------------</div><div><br></div><div>==> ms_print.961 <==</div><div>
--------------------------------------------------------------------------------</div>
<div>Command: ../../lib/aspect convection-box.prm</div><div>Massif arguments: (none)</div><div>ms_print arguments: massif.out.961</div><div>--------------------------------------------------------------------------------</div>
<div><br></div><div><br></div><div> MB</div><div>770.0^## </div><div> |# </div>
<div> |# </div><div> |# </div><div> |# ::@ :: :: : : :: :</div>
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<div> 0 +----------------------------------------------------------------------->Ti</div><div> 0 12.71</div><div><br></div><div>Number of snapshots: 70</div>
<div> Detailed snapshots: [1 (peak), 4, 12, 50, 60]</div><div><br></div><div style>so it looks like a problem with the setup on gaia.</div><div style>i installed the latest openmpi and recompiled trilinos 10.4.2.</div><div style>
cedric will update dealii and aspect.</div><div style><br></div><div style>cheers</div><div style>Thomas</div><div style><br></div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 19, 2013 at 1:14 AM, Wolfgang Bangerth <span dir="ltr"><<a href="mailto:bangerth@math.tamu.edu" target="_blank">bangerth@math.tamu.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im"><br>
> As one more data point: during solution of the Stokes system, the total<br>
> amount of memory for the program (the VIRT column in 'top') goes up from<br>
> 7.7 to 8.6 GB, but it drops down to 7.7 GB again at the end of each time<br>
> step.<br>
<br>
</div>As an update, after letting this run over the weekend: memory<br>
consumption is currently at 7.9 GB. Since it varies during the time<br>
step, I don't know what the low is over the course of each time step,<br>
but it's certainly not grown noticeably over the past 72 hours.<br>
<br>
Any news from you guys?<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
Best<br>
W.<br>
<br>
<br>
--<br>
------------------------------------------------------------------------<br>
Wolfgang Bangerth email: <a href="mailto:bangerth@math.tamu.edu">bangerth@math.tamu.edu</a><br>
www: <a href="http://www.math.tamu.edu/~bangerth/" target="_blank">http://www.math.tamu.edu/~bangerth/</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Aspect-devel mailing list<br>
<a href="mailto:Aspect-devel@geodynamics.org">Aspect-devel@geodynamics.org</a><br>
<a href="http://geodynamics.org/cgi-bin/mailman/listinfo/aspect-devel" target="_blank">http://geodynamics.org/cgi-bin/mailman/listinfo/aspect-devel</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>