<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
 http-equiv="Content-Type">
  <title></title>
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Logan,<br>
<br>
You are mixing the C-only binary (CitcomSFull) and the input file
(cookbook3.cfg) for the python-embedded binary. There are only two
input examples (in examples/Full and examples/Regional) for C-only
binary. The rest of cookbook examples are for the python embedded
binary only. The distinction of these two binaries is explained in the
beginning of Chapter 3 in the manual.<br>
<br>
Cheers,<br>
Eh<br>
<br>
<br>
On 7/13/10 10:37 PM, Sankaran, Loganathan (Solution Technology
Services) wrote:
<blockquote
 cite="mid:4C6CAE54C846144981BCE6F26B203FFA58DF09EA3B@GVW1098EXB.americas.hpqcorp.net"
 type="cite">
  <meta http-equiv="Content-Type"
 content="text/html; charset=ISO-8859-1">
  <meta name="Generator" content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<!--[if !mso]>
<style>
v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style>
<![endif]-->
  <style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:"Futura Bk";
        panose-1:2 11 5 2 2 2 4 2 3 3;}
@font-face
        {font-family:"Arial Rounded MT Bold";
        panose-1:2 15 7 4 3 5 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:"Britannic Bold";
        panose-1:2 11 9 3 6 7 3 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Aharoni;
        panose-1:0 0 0 0 0 0 0 0 0 0;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoAcetate, li.MsoAcetate, div.MsoAcetate
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:8.0pt;
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Arial","sans-serif";
        color:windowtext;
        font-weight:normal;
        font-style:normal;
        text-decoration:none none;}
span.BalloonTextChar
        {mso-style-name:"Balloon Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text";
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
-->
  </style><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="2050" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
  <div class="WordSection1">
  <p class="MsoNormal"><span
 style="font-size: 10pt; font-family: &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">Hello,<o:p></o:p></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span
 style="font-size: 10pt; font-family: &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span
 style="font-size: 10pt; font-family: &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">I
am new to CitcomS.&nbsp; I just built the code and started a run on a single
node (12 cores) as:<o:p></o:p></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span
 style="font-size: 10pt; font-family: &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">mpirun
-np 4 CitcomSFull cookbook3.cfg&nbsp; &gt;&amp; cbook3.4.out<o:p></o:p></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span
 style="font-size: 10pt; font-family: &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span
 style="font-size: 10pt; font-family: &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">However,
I get an error such as:<o:p></o:p></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span
 style="font-size: 10pt; font-family: &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">node&nbsp;&nbsp;
0: error: error: either use z_layer for non dim layer depths, or set
num_mat to
four<o:p></o:p></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span
 style="font-size: 10pt; font-family: &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">node&nbsp;&nbsp;
1: error: error: either use z_layer for non dim layer depths, or set
num_mat to
four<o:p></o:p></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span
 style="font-size: 10pt; font-family: &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span
 style="font-size: 10pt; font-family: &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">The
num_mat is already set to 4 in the cfg file.&nbsp; How do I make this work ?<o:p></o:p></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span
 style="font-size: 10pt; font-family: &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span
 style="font-size: 10pt; font-family: &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">I
tried the cookbook1 and is asking me to set nodex, nodey which are not
set in
the cfg file.<o:p></o:p></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span
 style="font-size: 10pt; font-family: &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">What
are the recommended values to these and nodez, if needed ?<o:p></o:p></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span
 style="font-size: 10pt; font-family: &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span
 style="font-size: 10pt; font-family: &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">Thanks.<o:p></o:p></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span
 style="font-size: 10pt; font-family: &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span
 style="font-size: 10pt; font-family: &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;">Logan<o:p></o:p></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span
 style="font-size: 10pt; font-family: &quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span
 style="font-family: &quot;Britannic Bold&quot;,&quot;sans-serif&quot;; color: rgb(112, 48, 160);">Logan
Sankaran Ph.D.<b><o:p></o:p></b></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span style="color: rgb(112, 48, 160);">Sr.
Performance Specialist, HPC
Benchmarking<o:p></o:p></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span style="color: rgb(112, 48, 160);">Solution
Technology Services
(STS)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <o:p></o:p></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span style="color: rgb(112, 48, 160);">Americas
Shared Solutions
Architecture (SSA)<i><o:p></o:p></i></span></p>
  <p class="MsoNormal"><b><span style="color: rgb(112, 48, 160);">Hewlett-Packard
Company <o:p></o:p></span></b></p>
  <p class="MsoNormal"><b><span style="color: rgb(112, 48, 160);">PLANO,
Texas, USA<o:p></o:p></span></b></p>
  <p class="MsoNormal"><b><span style="color: rgb(112, 48, 160);"><o:p>&nbsp;</o:p></span></b></p>
  <p class="MsoNormal"><span
 style="font-size: 10pt; font-family: &quot;Futura Bk&quot;,&quot;sans-serif&quot;; color: rgb(192, 0, 0);">&nbsp;972
- 727 - 9561</span><span
 style="font-size: 10pt; font-family: &quot;Futura Bk&quot;,&quot;sans-serif&quot;; color: rgb(34, 30, 31);"><o:p></o:p></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span
 style="font-size: 10pt; color: rgb(0, 51, 0);">&nbsp;<a
 moz-do-not-send="true" href="mailto:logan.sankaran@hp.com"><span
 style="color: blue;">logan.sankaran@hp.com</span></a></span><span
 style="color: rgb(112, 48, 160);"><o:p></o:p></span></p>
  <p class="MsoNormal"><span style="color: black;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
  </div>
  <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
CIG-MC mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:CIG-MC@geodynamics.org">CIG-MC@geodynamics.org</a>
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  </pre>
</blockquote>
<br>
</body>
</html>