[cig-commits] r18975 - in short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault: libsrc/pylith/faults playpen/faultpc unittests/libtests/faults unittests/libtests/faults/data
brad at geodynamics.org
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Tue Sep 27 10:54:56 PDT 2011
Author: brad
Date: 2011-09-27 10:54:55 -0700 (Tue, 27 Sep 2011)
New Revision: 18975
Modified:
short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/libsrc/pylith/faults/FaultCohesiveLagrange.cc
short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/playpen/faultpc/checkfaultpc.py
short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/TestFaultCohesiveKin.cc
short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataHex8.cc
short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataLine2.cc
short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataQuad4.cc
short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataQuad4e.cc
short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataTet4.cc
short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataTet4e.cc
short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataTet4f.cc
short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataTri3.cc
short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataTri3d.cc
short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinSrcsDataHex8.cc
short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinSrcsDataQuad4.cc
short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinSrcsDataTet4.cc
short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinSrcsDataTri3.cc
short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/adjustsoln.py
Log:
Fixed bug in integrating Jacobian for fault (jB indices depend on jBasis) and adjusting solution space. Updated test data accordingly.
Modified: short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/libsrc/pylith/faults/FaultCohesiveLagrange.cc
===================================================================
--- short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/libsrc/pylith/faults/FaultCohesiveLagrange.cc 2011-09-26 21:38:49 UTC (rev 18974)
+++ short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/libsrc/pylith/faults/FaultCohesiveLagrange.cc 2011-09-27 17:54:55 UTC (rev 18975)
@@ -373,7 +373,7 @@
(dispTpdtCell[jBP + iDim] - dispTpdtCell[jBN + iDim] -
slipCell[jBasis*spaceDim+iDim]);
-#if 1
+#if 0
std::cout << "iBasis: " << iBasis
<< ", jBasis: " << jBasis
<< ", iDim: " << iDim
@@ -532,13 +532,19 @@
const double wt = quadWts[iQuad] * jacobianDet[iQuad];
for (int iBasis=0, iQ=iQuad*numBasis; iBasis < numBasis; ++iBasis) {
const double valI = wt*basis[iQ+iBasis];
+
+ // First index for positive, negative, and Lagrange vertices
+ const int iBN = 0*numBasis*spaceDim + iBasis*spaceDim;
+ const int iBP = 1*numBasis*spaceDim + iBasis*spaceDim;
+ const int iBL = 2*numBasis*spaceDim + iBasis*spaceDim;
+
for (int jBasis=0; jBasis < numBasis; ++jBasis) {
const double valIJ = valI * basis[iQ+jBasis];
// First index for positive, negative, and Lagrange vertices
- const int iBN = 0*numBasis*spaceDim + iBasis*spaceDim;
- const int iBP = 1*numBasis*spaceDim + iBasis*spaceDim;
- const int iBL = 2*numBasis*spaceDim + iBasis*spaceDim;
+ const int jBN = 0*numBasis*spaceDim + jBasis*spaceDim;
+ const int jBP = 1*numBasis*spaceDim + jBasis*spaceDim;
+ const int jBL = 2*numBasis*spaceDim + jBasis*spaceDim;
for (int iDim=0; iDim < spaceDim; ++iDim) {
// Add entries to Jacobian at (i,j) where
@@ -549,15 +555,15 @@
// Indices for negative vertex
const int iN = (iBN + iDim) * rowSize; // row
- const int jN = (iBN + iDim); // col
+ const int jN = (jBN + iDim); // col
// Indices for positive vertex
const int iP = (iBP + iDim) * rowSize; // row
- const int jP = (iBP + iDim); // col
+ const int jP = (jBP + iDim); // col
// Indices for Lagrange vertex
const int iL = (iBL + iDim) * rowSize; // row
- const int jL = (iBL + iDim); // col
+ const int jL = (jBL + iDim); // col
jacobianCell[iN + jL] += valIJ;
jacobianCell[iL + jN] += valIJ;
@@ -1413,9 +1419,9 @@
for (int iDim=0; iDim < spaceDim; ++iDim) {
assert(jacobianVertexL[iDim] > 0.0);
- const double Sinv = (jacobianVertexP[iDim] + jacobianVertexN[iDim]) /
- (jacobianVertexL[iDim]*jacobianVertexL[iDim]);
- dispTIncrVertexL[iDim] = Sinv *
+ const double S = (1.0/jacobianVertexP[iDim] + 1.0/jacobianVertexN[iDim]) *
+ jacobianVertexL[iDim]*jacobianVertexL[iDim];
+ dispTIncrVertexL[iDim] = 1.0/S *
(-residualVertexL[iDim] +
jacobianVertexL[iDim] *
(dispTIncrVertexP[iDim] - dispTIncrVertexN[iDim]));
@@ -2014,8 +2020,6 @@
_fields->get("slip").section();
assert(!slipSection.isNull());
- slipSection->view("SLIP (FAULT)");
-
const ALE::Obj<RealSection>& orientationSection =
_fields->get("orientation").section();
assert(!orientationSection.isNull());
@@ -2045,7 +2049,7 @@
PetscLogFlops(numVertices * (2*spaceDim*spaceDim) );
-#if 1 // DEBUGGING
+#if 0 // DEBUGGING
slipSection->view("SLIP (GLOBAL)");
#endif
} // _slipFaultToGlobal
Modified: short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/playpen/faultpc/checkfaultpc.py
===================================================================
--- short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/playpen/faultpc/checkfaultpc.py 2011-09-26 21:38:49 UTC (rev 18974)
+++ short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/playpen/faultpc/checkfaultpc.py 2011-09-27 17:54:55 UTC (rev 18975)
@@ -3,7 +3,7 @@
import numpy
import numpy.linalg as linalg
-A = numpy.array([[4/3.0, -0.5, 1/6.0, 0, 0,0,0,0],
+K = numpy.array([[4/3.0, -0.5, 1/6.0, 0, 0,0,0,0],
[-0.5, 4/3.0, 0, -5/6.0, 0,0,0,0],
[1/6.0, 0, 4/3.0, 0.5, 0,0,0,0],
[0, -5/6.0, 0.5, 4/3.0, 0,0,0,0],
@@ -12,47 +12,47 @@
[0,0,0,0, 1/6.0, 0, 4/3.0, -0.5],
[0,0,0,0, 0, -5/6.0, -0.5, 4/3.0]],
dtype=numpy.float64)
-Ai = linalg.inv(A)
+Ki = linalg.inv(K)
-C = numpy.array([[0,-1, 0,0, 0,1, 0,0],
- [-1,0, 0,0, 1,0, 0,0],
- [0,0, 0,-1, 0,0, 0,1],
- [0,0, -1,0, 0,0, 1,0]],
+L = numpy.array([[1,0, 0,0, -1,0, 0,0],
+ [0,1, 0,0, 0,-1, 0,0],
+ [0,0, 1,0, 0,0, -1,0],
+ [0,0, 0,1, 0,0, 0,-1]],
dtype=numpy.float64)
Z = numpy.zeros( (4,4), dtype=numpy.float64)
-J = numpy.vstack( (numpy.hstack( (A, C.transpose()) ),
- numpy.hstack( (C, Z) ) ) )
-Jinv = linalg.inv(J)
+A = numpy.vstack( (numpy.hstack( (K, L.transpose()) ),
+ numpy.hstack( (L, Z) ) ) )
+Ainv = linalg.inv(A)
-# Compute [C] [A]^(-1) [C]^T and its inverse.
-CAC = numpy.dot(numpy.dot(C, Ai), C.transpose())
-CACi = numpy.linalg.inv(CAC)
+# Compute [L] [K]^(-1) [L]^T and its inverse.
+LKiL = numpy.dot(numpy.dot(L, Ki), L.transpose())
+LKiLi = numpy.linalg.inv(LKiL)
-# Compute diagonal approximation of CAC and its inverse
-Aid = 1.0 / A.diagonal() * numpy.identity(A.shape[0])
-CACd = numpy.dot(numpy.dot(C, Aid), C.transpose())
-CACdi = 1.0 / CACd.diagonal() * numpy.identity(CACd.shape[0])
+# Compute diagonal approximation of LKiL and its inverse
+Kid = 1.0 / K.diagonal() * numpy.identity(K.shape[0])
+LKiLd = numpy.dot(numpy.dot(L, Kid), L.transpose())
+LKiLdi = 1.0 / LKiLd.diagonal() * numpy.identity(LKiLd.shape[0])
# Compute preconditioner using full matrices (no approximations)
-P = J
+P = A
Pi = numpy.linalg.inv(P)
# Compute condition number
-evals, evecs = numpy.linalg.eig(numpy.dot(J, Pi))
+evals, evecs = numpy.linalg.eig(numpy.dot(A, Pi))
print numpy.abs(evals)
print numpy.max(numpy.abs(evals))/numpy.min(numpy.abs(evals))
# Compute preconditioner using diagonal approximations (but full A)
-Pd = numpy.zeros(J.shape)
-Pd[0:8,0:8] = A
+Pd = numpy.zeros(A.shape)
+Pd[0:8,0:8] = K
Pd[0:8,8:12] = 0.0
Pd[8:12,0:8] = 0.0
-Pd[8:12,8:12] = -CACd
+Pd[8:12,8:12] = -LKiLd
Pdi = numpy.linalg.inv(Pd)
# Compute condition number for diagonal approximations
-evals, evecs = numpy.linalg.eig(numpy.dot(Pdi, J))
+evals, evecs = numpy.linalg.eig(numpy.dot(Pdi, A))
print numpy.abs(evals)
print numpy.max(numpy.abs(evals))/numpy.min(numpy.abs(evals))
Modified: short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/TestFaultCohesiveKin.cc
===================================================================
--- short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/TestFaultCohesiveKin.cc 2011-09-26 21:38:49 UTC (rev 18974)
+++ short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/TestFaultCohesiveKin.cc 2011-09-27 17:54:55 UTC (rev 18975)
@@ -492,7 +492,7 @@
for (int iDim=0; iDim < spaceDim; ++iDim) {
const double valE = _data->jacobianLumped[iVertex*spaceDim+iDim];
-#if 1 // debugging
+#if 0 // debugging
std::cout << "vertex: " << *v_iter << ", iDim: " << iDim
<< ", valE: " << valE
<< ", val: " << vals[iDim]
@@ -601,7 +601,6 @@
const double* solutionVertex = solutionSection->restrictPoint(*v_iter);
CPPUNIT_ASSERT(0 != solutionVertex);
for (int iDim=0; iDim < spaceDim; ++iDim, ++i) {
- std::cout << "valE: " << solutionE[i] << ", val: " << solutionVertex[iDim] << std::endl;
if (0.0 != solutionE[i])
CPPUNIT_ASSERT_DOUBLES_EQUAL(1.0, solutionVertex[iDim]/solutionE[i],
tolerance);
Modified: short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataHex8.cc
===================================================================
--- short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataHex8.cc 2011-09-26 21:38:49 UTC (rev 18974)
+++ short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataHex8.cc 2011-09-27 17:54:55 UTC (rev 18975)
@@ -876,10 +876,10 @@
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0.0, 0.0, 0.0,
0.0, 0.0, 0.0,
- +1.0, 0.0, 0.0, // 18
- 0.0, 0.0, 0.0,
- 0.0, 0.0, 0.0,
- 0.0, 0.0, 0.0,
+ +4.0/9.0, 0.0, 0.0, // 18
+ +2.0/9.0, 0.0, 0.0, // 19
+ +2.0/9.0, 0.0, 0.0, // 20
+ +1.0/9.0, 0.0, 0.0, // 21
0.0, 0.0, 0.0, // 6y
0.0, 0.0, 0.0,
0.0, 0.0, 0.0,
@@ -896,10 +896,10 @@
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0.0, 0.0, 0.0,
0.0, 0.0, 0.0,
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- 0.0, 0.0, 0.0,
- 0.0, 0.0, 0.0,
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@@ -916,10 +916,10 @@
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- 0.0, 0.0, 0.0,
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@@ -936,10 +936,10 @@
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+ +2.0/9.0, 0.0, 0.0, // 21
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@@ -956,10 +956,10 @@
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+ 0.0,+2.0/9.0, 0.0, // 21
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@@ -976,10 +976,10 @@
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@@ -996,10 +996,10 @@
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+ +2.0/9.0, 0.0, 0.0, // 21
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@@ -1016,10 +1016,10 @@
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+ 0.0,+2.0/9.0, 0.0, // 21
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@@ -1056,10 +1056,10 @@
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@@ -1076,10 +1076,10 @@
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@@ -1356,10 +1356,10 @@
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pylith::faults::CohesiveKinDataHex8::CohesiveKinDataHex8(void)
Modified: short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataLine2.cc
===================================================================
--- short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataLine2.cc 2011-09-26 21:38:49 UTC (rev 18974)
+++ short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataLine2.cc 2011-09-27 17:54:55 UTC (rev 18975)
@@ -154,10 +154,10 @@
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pylith::faults::CohesiveKinDataLine2::CohesiveKinDataLine2(void)
Modified: short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataQuad4.cc
===================================================================
--- short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataQuad4.cc 2011-09-26 21:38:49 UTC (rev 18974)
+++ short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataQuad4.cc 2011-09-27 17:54:55 UTC (rev 18975)
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};
pylith::faults::CohesiveKinDataQuad4::CohesiveKinDataQuad4(void)
Modified: short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataQuad4e.cc
===================================================================
--- short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataQuad4e.cc 2011-09-26 21:38:49 UTC (rev 18974)
+++ short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataQuad4e.cc 2011-09-27 17:54:55 UTC (rev 18975)
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pylith::faults::CohesiveKinDataQuad4e::CohesiveKinDataQuad4e(void)
Modified: short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataTet4.cc
===================================================================
--- short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataTet4.cc 2011-09-26 21:38:49 UTC (rev 18974)
+++ short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataTet4.cc 2011-09-27 17:54:55 UTC (rev 18975)
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};
pylith::faults::CohesiveKinDataTet4::CohesiveKinDataTet4(void)
Modified: short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataTet4e.cc
===================================================================
--- short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataTet4e.cc 2011-09-26 21:38:49 UTC (rev 18974)
+++ short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataTet4e.cc 2011-09-27 17:54:55 UTC (rev 18975)
@@ -350,10 +350,10 @@
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@@ -364,10 +364,10 @@
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@@ -602,10 +602,10 @@
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+++ short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataTet4f.cc 2011-09-27 17:54:55 UTC (rev 18975)
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};
pylith::faults::CohesiveKinDataTri3::CohesiveKinDataTri3(void)
Modified: short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataTri3d.cc
===================================================================
--- short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataTri3d.cc 2011-09-26 21:38:49 UTC (rev 18974)
+++ short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinDataTri3d.cc 2011-09-27 17:54:55 UTC (rev 18975)
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pylith::faults::CohesiveKinDataTri3d::CohesiveKinDataTri3d(void)
Modified: short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinSrcsDataHex8.cc
===================================================================
--- short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinSrcsDataHex8.cc 2011-09-26 21:38:49 UTC (rev 18974)
+++ short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinSrcsDataHex8.cc 2011-09-27 17:54:55 UTC (rev 18975)
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--- short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinSrcsDataTet4.cc 2011-09-26 21:38:49 UTC (rev 18974)
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pylith::faults::CohesiveKinSrcsDataTet4::CohesiveKinSrcsDataTet4(void)
Modified: short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinSrcsDataTri3.cc
===================================================================
--- short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinSrcsDataTri3.cc 2011-09-26 21:38:49 UTC (rev 18974)
+++ short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/CohesiveKinSrcsDataTri3.cc 2011-09-27 17:54:55 UTC (rev 18975)
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pylith::faults::CohesiveKinSrcsDataTri3::CohesiveKinSrcsDataTri3(void)
Modified: short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/adjustsoln.py
===================================================================
--- short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/adjustsoln.py 2011-09-26 21:38:49 UTC (rev 18974)
+++ short/3D/PyLith/branches/v1.6-revisedfault/unittests/libtests/faults/data/adjustsoln.py 2011-09-27 17:54:55 UTC (rev 18975)
@@ -1,5 +1,5 @@
test = "hex8"
-vertex = 3
+vertex =
# ----------------------------------------------------------------------
if test == "line2":
@@ -7,7 +7,7 @@
jN = 2.2; duN = 1.2
jP = 2.4; duP = 1.4
- Sinv = (jN + jP) /jL**2
+ Sinv = 1.0/(jL**2 * (1.0/jN + 1.0/jP))
duL = Sinv * (-rL + jL*(duP-duN));
dduN = jL / jN * duL
@@ -59,7 +59,7 @@
jN = 1.4; duNx = 3.4; duNy = 4.4;
jP = 1.9; duPx = 3.9; duPy = 4.9;
- Sinv = (jN + jP) / (jL*jL)
+ Sinv = 1.0/(jL**2 * (1.0/jN + 1.0/jP))
duLx = Sinv * (-rLx + jL*(duPx - duNx))
duLy = Sinv * (-rLy + jL*(duPy - duNy))
@@ -188,7 +188,7 @@
jN = 1.8; duNx = 3.8; duNy = 4.8; duNz = 5.8;
jP = 1.9; duPx = 3.9; duPy = 4.9; duPz = 5.9;
- Sinv = (jN + jP) / (jL*jL)
+ Sinv = 1.0/(jL**2 * (1.0/jN + 1.0/jP))
duLx = Sinv * (-rLx + jL*(duPx - duNx))
duLy = Sinv * (-rLy + jL*(duPy - duNy))
duLz = Sinv * (-rLz + jL*(duPz - duNz))
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